Nach dem „Anschluss“ Österreichs an das Deutsche Reich floh Rudolf Frank mit Hilfe eines Schlafwagenschaffners im März 1938 im Nachtzug über die Grenze nach Meran/Italien, von dort wenige Wochen später in die Schweiz, nach Zürich.

Das schweizerische Arbeitsverbot unterlief er, indem er erneut unter Pseudonymen veröffentlichte. Gemeinsam mit A. Halbert verfasste er unter dem Namen Albert Rudolph das Drama „Kraft durch – Feuer. Die Nacht vom 9. November 1938“, eine unmittelbare Reaktion auf das reichsweite Pogrom in Deutschland. Unter wechselnden Pseudonymen übersetzte er bedeutende amerikanische Autoren. Zur Bestreitung seines Lebensunterhalts war er auf die Unterstützung seitens des „Verbandes Schweizerischer Jüdischer Flüchtlingshilfen“ angewiesen.

Ende September 1939, wenige Wochen nach Beginn des Zweiten Weltkrieges, wurden Rudolf Frank und seinen beiden, seit einem halben Jahr ebenfalls in der Schweiz lebenden Söhnen Vincent und René die deutsche Staatsbürgerschaft aberkannt. Mitte Dezember 1939 entzog ihm die Universität Gießen den Doktortitel.

Auf Grund der Denunziation eines Schriftstellerkollegen wurde Rudolf Frank im Sommer 1943 inhaftiert. Wegen „unerlaubter Erwerbstätigkeit“ und „Übertretung fremdenpolizeilicher Vorschriften“ wurde eine „lebenslängliche Ausweisung“ erlassen. Wegen Undurchführbarkeit erfolgte eine Internierung in verschiedenen schweizerischen Flüchtlingslagern. Nach Ende des Zweiten Weltkrieges gewährte die Schweiz Rudolf Frank Dauerasyl.